小马宝莉故事的发生背景在未来世界的香港，一个被摩根博士制造的双胞胎实验体姐妹伊莱恩（Elaine）和戴安娜（Diana）因为一些原因而有时候变得非常的弑杀，当两个人的思想融合时，超生命形式“Genocyber”诞生了。 现在，Genocyber 与人类之间长达半个世纪的战斗开始了。