色999ある日、仮面ライダーゴーストこと天空寺タケル（西銘駿）の前に仮面ライダーダークゴースト（木村了）が出現。ダークゴーストの目的は、100人の英雄の眼魂（アイコン）を収集し究極の眼魂を作り上げ、全ての人間をゴーストにすることだった。タケルや深海マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）はダークゴーストに立ち向かう。