善良的女秘书故事发生在未来纪元，地球经历了未知变故，地貌环境大变。新纪元人类为了克服恶劣的生存环境，恢复地球生态，依赖和使用大型机械载具和变形机甲。边陲小镇少年林一，从小与父亲生活在一起。父亲因神秘事件外出未归，林一踏上了寻找父亲的旅途。积极探寻生命续的意义和善的美好。随着地球变故的真相“人工智能之乱”浮出水面，同时面对不同智慧文明的碰撞，男孩与伙伴将该如何坚守善的本心为新纪元带来光明和希望。