506寝室的灯灭了以后第三部大学生凌辰，参加学校的研究所实验，结果被冰冻了200年。200年后醒来，发现人类已经毁灭，废土上生活的全是人形化的动物少女。意外解除了凌辰冬眠的，正是一名奶牛少女——伊莉。为了活下去，凌辰发挥自己作为人类的科学文化知识，收集能力各异的兽娘们，扫清野蛮种族的威胁，建立一个末世理想国。